Rahmi M. Koç Müzesi, denizcilik objeleri ve modellerinden oluşan geniş bir koleksiyona sahiptir. Tersane’deki bu bölümde bir grup model, birçok gerçek boyutta tekne ve yat, kıçtan takma motorlardan oluşan değerli bir koleksiyon ve nadir rastlanan bir “Amphicar” yer almaktadır. Müze koleksiyonunun en beğenilen öğelerinden biri olan etkileyici Boğaziçi Gezinti Kayığı’na ek olarak küçük kayıklar, kanolar ve diğer küçük tekneler de bu bölümde sergilenmektedir.